„Kodiranje će postati novi engleski“

Molekularni biolog Tim Trajs sa Univerziteta u Hajdelbergu govori o korišćenju tehnologije za upravljanje informacijama i organizovanje istraživanja

Objavljeno:

Piše:

Kategorija:

tim trajs
Tim Trajs

Tim Trajs, student Masters programa za molekularnu biotehnologiju na Univerzitetu u Hajdelbergu, razume značaj upravljanja informacijama.

Bilo da je u pitanju analiza velikih obima podataka generisanih u okviru istraživačkog projekta ili hvatanje ukoštac sa ogromnom količinom već dostupnih istraživanja, naučnim istraživačima su potrebne strategije za korišćenje podataka, kao i alatke poput Mendeley-a. Prema Timovim rečima, to može da znači korišćenje onoga što je već dostupno – ili stvaranje sopstvenih rešenja.

„Smatram da će kodiranje na mnogo načina postati novi engleski u istraživanju, u smislu da će svako morati da ga koristi tečno do određenog nivoa“, kaže on. „Istraživači progresivno proizvode sve više podataka, i ako nemamo ideju kako da analiziramo te podatke, propustićemo mnoge važne uvide.“

„Naravno, neka rešenja već postoje, ali sa svakim novim istraživanjem se ispostavlja da svako od njih mora u velikoj meri da se prilagođava. Poznavanje kodiranja stvarno može da ubrza tok istraživanja ako znate kako da transformišete podatke koje imate.“

Tim ističe da to ne znači da će svaki naučni istraživač da se bavi kodiranjem svakodnevno, ali razumevanje osnova kodiranja, ili makar svest o tome koje su mogućnosti, postaje sve neophodnije:

Čak i ako ne planirate da ikada sami napišete ijedan red koda, treba vam osnovno znanje da biste mogli da diskutujete sa drugim članovima istraživačkog tima o tome šta vam je potrebno.

Kao primer Tim navodi sopstveni posao. On sa svojim mentorom trenutno radi na izgradnji potpuno automatskog inkubator–mikroskopa od samog početka. Cena ovih uređaja se obično kreće od 25.000 dolara pa naviše, a oni najkvalitetniji mogu da koštaju i do 100.000 dolara, što je van dometa većine istraživačkih grupa. Međutim, to je krajnje potreban deo laboratorijske opreme za izvođenje eksperimenata visokog kvaliteta. Inkubator–mikroskop omogućava istraživačima da automatski snimaju ćelije unutar inkubatora, gde se one potom razvijaju u optimalnim uslovima. Alternativa tome je da ih izvade iz tog optimalnog okruženja i snimaju ih ručno. To može da bude zahtevno, čak i uz korišćenje moderne opreme, i često poremeti ćelije koje se posmatraju.

prvi na guglu

„Ko još želi to da radi?“, pita Tim. „To je mnogo posla, podrazumeva boravak u laboratoriji u određenim intervalima, uključujući usred noći, a pritom morate da izvadite ćelije iz optimalnog okruženja, što utiče na kvalitet eksperimenta.“

Njegov tim radi na izgradnji pristupačnog inkubator–mikroskopa koristeći delove koji su dostupni, u nadi da će istraživači moći da obavljaju posao bez gubitaka.

Kada budu imali način za takvo automatsko snimanje, mogu očekivati da generišu velike količine podataka – reda veličine 1000 snimaka na sat, od kojih svaki sadrži preko 1000 ćelija.

„Kako sve to da se analizira?“, nastavlja Tim. „Možete da angažujete grupu studenata da pregledaju snimke, ali za njih to neće biti baš zahvalno iskustvo. Pravljenje algoritma za njihovu analizu znači da može da se obradi još više podataka, a na taj način se dobijaju mnogo bolji rezultati nego kada se radi sa manje tačaka podataka.“

Sve je više softvera koji ljudi sami prave ili prilagođavaju, pa je samim tim postojanje otvorene platforme sve važnije za sistem informacija za istraživanja kakav predviđa Elsevier.

„Tako nešto bi stvarno mnogo značilo naučnim istraživačima“, kaže Tim. „Otvorena platforma bi bila veoma dragocena. Na primer, veliki broj baza podataka imaju otvorene API-je. Ako grupa za istraživanje sa kombinovanim prisustvom na mreži Mendeley zajednički organizuje sve radove, pa potom može da grupiše zajedno sve srodne podatke na kojima se zasnivaju ti radovi, takva mogućnost bi stvarno bila moćno sredstvo za naučne zajednice.“

Tim koristi alat Mendeley kompanije Elsevier za organizovanje informacija koje su mu potrebne za obavljanje istraživanja:

To je dobar primer vrednosti otvorenog sistema. Sve stavljam na Mendeley, a pošto radim u Chrome-u, jednim klikom na dodatak za pregledač mogu da pristupim svemu. Može da se koristi za strukturiranje postojećih informacija. Napravite sistem fascikli na Mendeley-u i kad god nađete nešto vezano za rad, sačuvate to tamo. Štedi vam vreme koje gubite u višestrukim vraćanjima na više lokacija da biste videli različite delove istraživanja.

Oduševljenje Mendeley-em je navelo Tima da postane Mendeley savetnik, kao način da se „oduži“ platformi koju koristi besplatno. „Kada pronađem nešto korisno, osećam potrebu da to na neki način podržim – zato sam u stvari i želeo da podelim svoja iskustva sa drugim istraživačima“, objašnjava.

spektrum kooperativa

Mendeley savetnici su grupa od više od 5000 zaljubljenika u Mendeley u 130 zemalja koji nam pomažu da raširimo informacije o pogodnostima dobrih referenci i upravljanja razvojem istraživanja. Ovde možete da saznate više o Mendeley savetnicima, kao i o tome kako da i sami postanete savetnik.

Tim smatra da je dobra organizacija ključ uspeha kada su u pitanju velike količine informacija, bilo da je u pitanju softver ili lična tehnika. „Preporučio bih svima da se informišu o tehnikama upravljanja projektima kao što je Kanban. Te tehnike pomažu u istraživanju, ali i u svakodnevnom životu. I naročito bih svima savetovao da sve zapisuju da ne bi zaboravljali važne stvari, i da im se ne bi više motale po glavi.“

Izvor: https://www.elsevier.com/

POVEŽITE SE S NAMA

3,879FansLike
224FollowersFollow
9FollowersFollow
1SubscribersSubscribe
izrada sajtova
izrada sajta
prvi na guglu
Tim Trajs
Tim Trajs
Tim Trajs (@TreisTim) je rođen u Hamburgu, u severnoj Nemačkoj. Kada je završio školu, upisao se na studije molekularne biotehnologije u Hajdelbergu jer ga je zanimala biologija. Tokom osnovnih studija uglavnom se bavio mikrobiologijom, a završni rad je bio na temu metaboličkog inženjeringa kod bakterije C. glutamicum u Bilefeldu. Osim toga, imao je zapaženo učešće u takmičenju iz sintetičke biologije za studente, iGEM. Iako je njegovo formalno obrazovanje u velikoj meri vezano za laboratorijski rad, oduvek je pokazivao interesovanje za informatiku. Tokom programiranja u slobodno vreme kao veb-dizajner i u okviru istraživačkih projekata, interesovanja su mu se polako okrenula ka bioinformatici i nauci o podacima. Tim je 2018. započeo master studije iz molekularne biotehnologije na Univerzitetu u Hajdelbergu, a trenutno radi u centru BioQuant, gde mu je glavna oblast interesovanja sistemska biologija. Planira da u daljoj karijeri kombinuje iskustva iz laboratorijskog rada i programiranja.

Uspeh u Srbiji je moguć kada znaš šta želiš – INTERVJU: Janja Jovanović

Njena svrha je da motiviše i inspiriše ljude da budu bolji, srećniji i uspešniji. O tome piše, priča, i edukuje. Sa jedne strane njen blog,...

Content Writing: Ključni saveti za najbolju verziju bloga!

Blogovanje svakog dana... Danas na internetu možete videti kompanije, poznate ili nepoznate ličnosti, koje pišu sadržaje i objavljuju svoje mišljenje o različitim temama. Ako...

LETO ILUZIJA

Muzej Iluzija otvorio je svoja vrata u redizajniranom ambijentu sa obiljem novih eksponata i za sve ljubitelje dobre zabave i avanture pripremio pravu letnju...
error: Content is protected !!